Имена насеља из тог доба нису позната, али је сигурно да је дуж саобраћајница, цеста и путева тих насеља било доста. У Костајници су пронађени трагови римског водовода и неких зграда, а недалеко од Костајнице, у селу Мракодол (Бришевци) постоје археолошки налази о римској талионици жељеза.
Досељена словенска племена временом су се стапала са затеченим старосједиоцима, од њих попримили многе културне тековине, а старосједиоцима су наметнули свој језик и име. Из средњег вијека је остало врло мало сачуваног материјала о Костајници. Име Костајница се помиње први пут у државничким документима 1258. године у уредби краља Беле IV који рјешава спор због земље „Костајнице“ између духовно – витешког реда темплари из Дубице и Хетинка, грађанина Костајнице. Претпоставља се да је име Костајница настало од ријечи „кестен“ јер је предио с обје стране Уне богат кестеном. Од тог времена Костајница мијења многе господаре. Гроф Арланди је први посједник Костајнице, а затим гроф Цељски. Послије смрти Мартина Франкопана Костајница је уступљена крупском војводи Ивану Ревануду. Осујећеним завјерама угарских великаша и бискупа, који су хтјели да на угарски пријесто доведу пољског принца Казимира, краљ Матија је посебном даровницом даровао многа села и градове српском деспоту Вуку Гргуревић Бранковић, а међу овима се спомиње и Костајница. Послије Вукове смрти Костајница је у посједу деспота Ђорђа Бранковића. Тако је Костајница за веома кратко вријеме промијенила много господара.
Побједом над Турцима код Дубице 1513. године, Костајница пада у посјед бана Петра Бериславића. Већ у првој половини XVI вијека град и утврда су власништво Зрињских – даровницом краља Фердинанда. За вријеме Зрињских, тврђава је била посебно утврђена и надограђена. По тим господарима стара костајничка тврђава зове се Зрињски град. Босански бег Малкоч је 1556. године опсједао Костајницу коју је освојио захваљујући издаји капетана Лусттхалера, па је од тога времена Костајница остала под управом Турака. Чувени путописац Евлија Челебија је 1660. године дошао у Костајницу и између осталог записао:
„Овај је град подигао Зрињски уз помоћ Угарског краља Фердинанда. Његова нахија има 40 села….
Градско становништво сачињавају борци који дан-ноћ воде борбе с Хрватима губећи узајамно главе….
Костајница је велики град, саграђне од тврдог материјала. Облик му је петоугаони, а лежи на обали ријеке Уне, на територији Бања Луке“.
Пожаревачким миром 1718. године Аустрија, као млетачка савезница у рату са Турцима, добија Банију и подручје на десној обали Уне, по дубини до планине Козаре.
Године 1739. миром у Београду, враћени су сви крајеви Турцима, а ријека Уна опет постала граница између Аустрије и Турске. Као саставни дио Илирских провинција 1809. године подручје Костајнице долази под власт Наполеона, и остаје до 1814. године. За вријеме француске владавине саграђен је дрвени мост између двије Костајнице који је олакшавао саобраћај. Једини тадашњи мост на Уни служио је за превоз робе која је ишла са Средњег Истока за Европу и обрнуто. У Костајници се отвара царина за ове робе. Међутим, послије краткотрајне француске управе Костајница поново пада под турску власт 1814. године.
У периодима турске владавине становништво овог краја је подизало бројне буне. Најпознатија је Пецијина буна 1858. године коју су подигли хајдуци Петар Поповић Пеција и Петар Гарача. Петар Поповић, звани Пеција (1826—1875) је рођен од оца Петра и мајке Илинке у селу Бушевић у Крупској. Већину живота провео је у граду Костајници. Петар је сам научио писати и читати, а осим српског говорио је и турски језик. Не признавајући отоманску државу Петар у 22. години одлази у хајдуке и од тада до краја живота активно се бори против турске државе. У јесен 1858. заједно са хајдучким харамбашом Петром Гарачом из Стригове, диже велику буну у Кнешпољу и пред Босанском Костајницом гради шанац познат као “Пецијин шанац”. Хајдуцима се придружује и народ, па се на шанцу одиграва жестока битка између Турака и устаника. Након дуге и тешке борбе Турци су успјели устанике натјерати преко ријеке Уне у Хрватску Костајницу гдје се већина предала аустријским стражама. Пеција и Гарача са још око 300 устаника нису се предали већ су се повукли у Пастирево. Ова буна је у народу позната као Костајничка или Пецијина буна, а рјеђе као Кнешпољска буна. Послије Костајничке буне Турци су два пута хватали Пецију. У Цариграду је био осуђен на смрт, са пресудом да буде погубљен у свом крају јер је “тамо највише зла починио”. На путу у родни крај Пеција је побјегао Турцима код Крагујевца, гдје се и задржао и добио мјесто стражара у тополивници. Ту је остао све до новог устанка у Босанској Крајини 1875. године. Приступио је устаницима и већ почетком септембра учествовао у бици код села Гашице, садашње Гашнице. Тога дана Петар Пеција се још једном показао као способан вођа устаника надјачавши Турке и нагнавши их у бијег. Међутим, недуго послије, а по народном предању због издаје неког Илије Чолановића, Турци су изненадили устанике и након дугог и жестоког боја разбили су хајдуке од којих су неки побјегли у Просару, а њих педесетак са Пецијом на челу су остали да се боре на обали Саве. Потјерани турском силом Пеција и устаници успјели су се докопати лађе и прећи преко ријеке, али без заклона, изложени турској пушчаној ватри готово сви изгинуше. Само Пеција и два човјека остадоше живи, али Петар, немирног и храброг духа, умјесто да се склони, изађе на чистину и повика на Турке: “Ево Турци, нека знадете, Пеције нисте убили, још је жив, и наскоро ће Вам се осветити”. Тог момента га је погодило турско тане и на мјесту га убило. Било је то 10. септембра 1875. године. Међу народом је кружила прича да га није убило пушчано зрно већ да је пушка била набијена пшеницом. Мртвог Пецију са Корманошем и осталим јунацима другови сахранише у селу Јабланцу ниже Јасеновца, а десет година након погибије Пецијине су кости пренешене и похрањене код манастира Моштаница подно Козаре, близу Козарске Дубице.
Године 1862. у Босанску Костајницу долазе муслимани који су претходно прешли на ислам, а из околине Ваљева и Шапца, док их је посебно много дошло од Ужица. Ту у Костајниици формирају насеље које и данас носи име Ужица, по њиховом старом завичају.
За вријеме Невесињске пушке 1875. године, овај крај је пружио отпор, а у Костајницу је више пута долазио Петар Мркоњић чија је организаторска улога у борби против турске власти имала огроман значај. Сељаци Читлука, Петриње, Бачвана, Побрђана, Тавије и других околних села 15. августа 1875. године су напали турске посаде у селу Двориште. Занесени почетним успјесима устанка устаници су под командом Марка Бајалице и Марка Ђенадије напали 19. августа Босанску Костајницу, али су се послије почетног успјеха морали повући. У тим борбама са турцима погинуо је Петар Гарача чији се гроб налази у Горњој Слабињи у засеоку Алагинци, па се по њему само мјесто зове – Гарачин гроб.
1878. године Костајница поново пада под аустријску власт и остаје све до завршетка Првог свјетског рата. У почетку Аустрија уводи војни режим, а касније га замјењује цивилном влашћу. За вријеме Аустрије Костајница је била прво котар, а касније испостава босанско – новског котара.
У Краљевини Југославији Костајница је развијен трговачко – занатски центар. Најбогатије и најугледније трговачке породице из тог времена су: Марини, Зечеви, Павловићи, Јандрићи, Савићи и Лукићи. Услужне дјелатности су развијене и у потпуности задовољавају потребе становништва. Такав тренд се наставља и у послијератном периоду. Развијено је трговачко предузеће „Вис“ са укупно 4 продавнице мјешовите робе и двије продавнице обуће. Од услужних дјелатности заступљени су занати: бријачки, кројачки, месарски, столарски, обућарски, механичарски и сл. Највеће предузеће била је Творница пољопривредних справа, настала од ковачке радње, коју су основали 1908. браћа Мехо и Расим Ферхатовић. Они су сами правили нацрте својих надалеко знаних плугова, дрљача и сијачица, и за њих освајали и медаље на сајмовима. Најбоље пољопривредно имање имала су браћа из Швајцарске Аугуст и Хајнрих Вандишпил у селу Тавија. Беспријекорно уређени воћњаци, вртови и њиве били су узор чак и ратарима из удаљених мјеста.
У Другом свјетском рату српско становништво овог краја масовно је учествовало у борби против фашизма. Легендарна Баљска чета је била састављена од бораца, углавном регрутованих с подручја Костајнице. У борби против фашизма ово подручје је дало преко 1.000 бораца од чега је 460 погинуло, не дочекавши крај рата. Поред палих бораца, жртва фашистичког терора било је и становништво општине, гдје су у њихов спомен послије рата уређене двије спомен костурнице на Зечевом брду за преко 2600 недужних цивила, углавном жена и дјеце српске националности са овог и других подручја побијених од стране усташа. Логор Јасеновац, Бајића јаме и Зечево брдо су њихова стратишта. Поред људских жртава, подручје општине је претрпјело огромна материјална разарања, а 108 домаћинстава је потпуно уништено. Послије рата су подигнута два партизанска гробља у Костајници и Петрињи. Ово подручје је дало легендарне партизанске борце, командире и команданте, од којих су проглашени народним херојима: Петар Боројевић, Лазо Штековић, Петар Мећава, Бранко Тубић и Миле Тубић, а ништа мање нису познати легендарни доктор Младен Стојановић и Ранко Шипка који су дигли и организовали устанак на Баљу.
Послије Другог свјетског рата Босанска Костајница егзистира као општина у саставу босанско – новског, а касније приједорског среза. Новом територијалном подјелом 31. децембра 1962. године укида се општина Босанска Костајница, а њена територија се дијели општинама Босанска Дубица и Босански Нови. Општини Босански Нови припала су насељена мјеста: Босанска Костајница, Петриња, Горња Слабиња, Подошка, Зовик, Побрђани, Календери, Мраово Поље, Гумњани, Мракодол, Грдановац и Тавија, а општини Босанска Дубица су припојени: Стригова, Читлук, Доња Слабиња, Бачвани и Бабинац. Тако Босанска Костајница постаје мјесна заједница пуне 32 године.
На сједници Народне скупштине Републике Српске 17.12.1992. године мјесто Босанска Костајница мијења назив у Српска Костајница. Општина Костајница конституисана је одлуком Народне скупштине Републике Српске 1994. године, а прва сједница Скупштине општине Костајница одржана је 02. априла 1995. године. Општина је у односу на период 1962. године ускраћена за пет села: Стригова, Читлук, Доња Слабиња, Бачвани и Бабинац, који су у саставу општине Козарска Дубица. 2004. године Уставни суд Босне и Херцеговине је оцијенио неуставним назив Српска Костајница и вратио назив Босанска Костајница. 2009. године новим Законом о територијалној организацији Републике Српске Босанска Костајница је постала Костајница.
